如果协议的修改是乙方单方做的,修改部分无效。但不会直接导致中标和协议无效,可追究乙方违约责任。如果甲乙双方可以协商,用银行保函能帮助乙方省钱,所以乙方会修改条款。建议和中标单位协商,部分保证金,部分保函。